猪流行性腹泻病毒PCR检测及其M基因的遗传变异分析

摘要：为了解我国猪流行性腹泻病毒（PEDV）的流行情况，利用套式反转录一聚合酶链反应（nRT—PCR）技术，从表现腹泻症状的仔猪粪便中扩增出6份阳性样品，测序表明，一扩PCR产物的大小为854bp，涵盖PEDV的M基因。选择34个参考毒株基于M基因进行进化树分析，结果显示PEDV可以分为G1和G2两个基因型7个基因亚型。G1型以2007年前的经典毒株为主，包括CV777、Brl／87、KPEDV-9、JMe2和CH／S株等；G2型则以近年分离的毒株为主，包括GDXS5、JS-2004-2、PFFl88、KU06RB08等。其中G2．3亚型已经成为目前世界上主要的PEDV流行毒株，包括本次检测的6株PEDV、泰国的KU06RB08及GenBank中我国和韩国2011年的流行毒株。通过同源性比较发现，这6株PEDV之间的同源性为98．2％～100％，与经典毒株CV777的同源性为97．6％～98．2％。结果表明，尽管PEDV之间的同源性仍较高，但PEDV流行毒株已经逐渐形成独特的流行进化分支。