猪流行性腹泻病毒云南流行毒株N基因序列分析

摘要：为了解近年来云南省PEDV流行毒株的变异情况，选取了采集自昆明西翥、富源、厂口、玉溪红塔等地方猪场的不同时间的6份PEDV阳性水样腹泻粪便样品，进行N基因的RT—PCR扩增、测序及序列分析。结果表明，来自同一猪场不同流行时间的TY1、TY2、TY3毒株之间，TY1与TY2毒株N基因核苷酸序列完全相同，仅TY3毒株在第80和第1238位置处的碱基发生了变异（A—C、C—T），TY3与TY1、TY2的毒株N基因核苷酸序列的同源性达99．8％。云南6个流行毒株TY1、TY2、TY3、YXHT、FYDH及Changkou的核苷酸序列的同源性为99．2％～100％。云南6个流行毒株与2014年德国毒株GER—L00721—2014（Accession：LM645057．1）、法国毒株KR011756-FR001—2014（Accession：KR011756．1）及我国2010年河北毒株JF700126．1-HB—HS-2010（Accession：LM645057．1）的核苷酸序列同源性为98．6％～100％，并同属于一个进化分支。云南6个流行毒株与CV777经典疫苗毒株之间的同源性仅为95．2％～95．5％，存在一定的变异，这或许是云南省猪群经PEDV疫苗免疫后保护率较低的原因之一。