传染性支气管炎病毒广西分离株S1基因克隆与序列分析

摘要：近年来，鸡传染性支气管炎（IB）在我国广西地区相继暴发，流行十分广泛，给养禽业带来巨大损失。为及时了解传染性支气管炎病毒（IBV）的变异情况，从而进行更有效的防控，本研究对2012年分离自广西的8株IBV的S1基因进行了序列测定与分析。参考NCBI上的IBV S1基因序列，设计合成了一对扩增S1基因全长序列的引物。采用 RT-PCR方法对8株 IBV分离株（GX1-GX8）的 S1基因进行克隆测序。序列分析结果表明，8株IBV分离株S1基因全长均为1620 bp，且集中分布在2个分支，GX1-GX4属于第Ⅴ分支，其裂解位点均为RRFRR；GX5-GX8属于第Ⅰ分支，其裂解位点均为 HRRRR，为 IBV中国毒株所特有。同时，这些分离株进化趋势与其分离时间之间显示出一定的相关性；潜在糖基化位点（PGS）分析结果显示，GX1-GX4的PGS分布一致且与GX5-GX8的分布显示出一定的差异；核苷酸同源性分析结果表明，位于同一分支的毒株间同源性较高，所有分离毒株与我国使用的常规 Mass 型疫苗毒株的同源性均偏低。这暗示目前广西IBV分离毒株与我国广泛使用的IB疫苗毒株的遗传进化距离较远，常规Mass型疫苗可能起不到很好的免疫保护作用。