猪流行性腹泻病毒山西分离株全基因组序列分析

摘要：用RT-PCR扩增分离的一株PEDVCH-SXCH11-2015的全基因组序列，测序拼接后，进行了序列分析。CH-SXCH11-2015全长28038bp比CV777长5bp，与BJ-2011-1同源性最高，为98．9％；与LZC、SM98同源性最低，为96．6％。S基因全长均为4161bp，突变主要发生在S1区，同源性分析表明，CH-SXCH11-2015核苷酸同源性与BJ-2011-1和CH／ZJJS-Z／2012的最高为98．9％，与SM98同源性最低为93．6％，与CV777、CV777vaccine同源性分别为94．2％和93．8％。CH-SXCH11-2015S基因氨基酸同源性与CH／ZJJS-Z／2012的最高为98．3％，与CV777vaccine、SQ2012同源性最低为91．8％，与CV777的同源性为92．9％。ORF3基因全长均为675bp，无核苷酸插入和缺失，同源性分析表明，CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CH／HBQX／10核苷酸同源性最高，为99．3％，与CV777truncated核苷酸同源性最低，为90．6％。CH-SXCH11-2015的ORF3基因推导的氨基酸与（CH／HBQX／10、CH／s、CH／SHH／06、CH／TJ-2012、CH／ZKXH／11、CPF299、GZGY-10、PFF188、PFF285）同源性最高，为98．7％；与CV777truncated毒株最低，为88％。CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CV777、attenuated DR13的核苷酸同源性分别为96．6％和97．6％，氨基酸同源性分别为95．1％和97．1％。遗传进化分析表明，CH-SXCH11-2015全基因组、s基因、ORF3基因与2010年以后我国分离的毒株亲缘关系较近，与CV777、2个疫苗株（attenuated DR13、CV777vaccine）的亲缘关系较远。