陕西省部分地区PRRSV流行毒株ORF3和ORF5基因的遗传变异分析

摘要：为了解陕西省猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus，PRRSV）流行毒株的遗传和变异情况，对9份疑似感染PRRSV的病料用RT-PCR方法分别扩增oRF3和0RF5基因，并进行测序和序列分析。测序结果表明，ORF3基因在254-490和646-737位置之间发生不连续碱基突变；与GenBank已发表的国外毒株ORF3基因组比较，同源性为89．2％-94．8％，与国内发表的ORF3基因比较，同源性为88．8％-99．0％，其中与2009年陕西分离株（HQ843181．1）同源性为94．9％-98．7％，与2010年陕西株（KJ855518．1）同源性为94．9％-98．6％。ORF5基因突变主要在508-600碱基位置之间，与GenBank上已发表的国外毒株oRF5基因组比较，同源性为90．1％-92．1％，与国内发表的ORF5基因比较，同源性为89．6％-99．2％，其中与2009年陕西分离株（HQ843181．1）同源性为95．2％-98．4％，与2010年陕西株（KJ855518．1）同源性为95．2％-98．7％。ORF3和oRF5基因进化树中Wn-2、Ak-3和Tc-4毒株在同一个进化支上，之间亲缘关系近，Xy-1和Hz-5毒株分别在不同的进化分支上，与其他毒株遗传距离较远。陕西省PRRSV流行毒株的ORF5和ORF3基因组与国内PRRSV分离株相比较均有一定变异，且亲缘进化不完全相同。