- · 【植保学院】多措并举保障留校学生过温馨年[02/18]
- · 【资环学院】举办留校学子新春趣味运动会[02/16]
- · 【信息学院】制作专属微信红包封面[02/13]
- · 【创新学院】新春送祝福温暖学子心[02/12]
- · 【资环学院】新春慰问暖人心 浓浓关爱显真情[02/12]
- · 【学生处】因为有你们才“最美”[02/10]
- · 【园林学院】《中国新疆之历史印记》纪录片引发师生关注[02/08]
- · 【农学院】整合资源引企入教 扎实推进人才培养[02/08]
绵羊肺腺瘤病毒NM株囊膜蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位预测
作者: 刘月 [1] ; 张宇飞 [1] ; 张亚坤 [1] ; 孙晓林 [1] ; 刘淑英 [1,2]
关键词: 绵羊肺腺瘤病毒 囊膜蛋白 B细胞表位 二级结构
摘要:利用生物信息学预测绵羊肺腺瘤病毒(0PAV)NM株囊膜蛋白优势抗原表位,为寻找用于绵羊肺腺瘤病诊断和预防的候选抗原表位提供参考。参照OPAV-NM株env基因序列(登录号:JQ837489),应用Gamier-Robson方法、SOPMA方法和网络服务器PSIPRED、lPredictprotein预测OPAV-NM株囊膜蛋白的二级结构。用Kyte—Doolittle方法预测蛋白质的疏水区和亲水区,用Emini方法预测蛋白质表面可能性,以Jamson-Wolf方法预测蛋白的抗原指数,利用Bcepred、IEDB、ABCpred网络服务器预测囊膜蛋白的抗原性,然后综合评价囊膜蛋白的B细胞抗原表位。结果表明,囊膜蛋白(ENV)二级结构丰富,正螺旋和J3折叠所占比例相对较多,也具有多处转角及无规则卷曲区域,提示OPAV—NM囊膜蛋白具有较多的优势抗原表位区段。这些优势抗原表位分别为第52~76,101~110,118~165,182~196,201~215,281~305,309~332,335~356,461~476,530~574位氨基酸,其中第461~476位和第530~574位的部分氨基酸序列位于胞外区,且第530~574区段位于en—OPAV和ex-OPAV的囊膜氨基酸序列的差异区,该段氨基酸序列对绵羊肺腺瘤病毒疫苗和诊断方法的研究有重要意义。