广西2013年-2015年鸡传染性支气管炎病毒S1基因分子流行病学分析

摘要：为了解近年来广西地区鸡传染性支气管炎病毒（IBV）的分子流行病学特点和遗传变异规律,本研究对广西地区2013年-2015年分离的26株IBV的S1基因进行了克隆、序列测定和分析。结果发现,26株IBV S1基因核苷酸序列长度在1 599bp~1 632bp之间,编码533个~544个氨基酸,说明分离毒株核苷酸存在较多的插入和缺失;分离毒株之间核苷酸序列同源性在76.5%~100%之间,其推导氨基酸序列同源性在74.4%~100%之间,分离株与参考株核苷酸及推导氨基酸的同源性分别介于75.9%~97.3%和74.9%~96.3%之间;分离毒株可以分为4个主要分支,南宁地区2013年-2014年分离毒株主要在第2分支,而在2015年分离毒株主要分布在第1.1分支,这是一个新的流行趋势,桂林地区的分离毒株主要分布在1.3、4.2分支,2015年以来的3个分离毒株分别存在于3和4.2分支,没有形成比较明显的优势流行毒株,玉林地区的毒株分布较散,也没有形成明显的优势流行毒株;分离毒株中大部分毒株与疫苗毒株同源性较低,部分毒株向着各自的方向进化,呈现出一定的地域性。