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噬菌体vB-EcoP-Bp4尾部蛋白基因的密码子使用偏性分析
作者: 孙蓉蓉 ; 孙虎芝 ; 张灿 ; 任慧英
关键词: 噬菌体 尾部蛋白 密码子偏性
摘要：为了解噬菌体vB-EcoP-Bp4（简称Bp4）尾部蛋白基因的密码子使用特性，利用生物信息学方法对N4类噬菌体Bp4的3个尾部蛋白基因gP10、gP11、gP13与其他5株同源性较高的噬菌体进行密码子偏性分析。结果表明，噬菌体Bp4尾部蛋白基因与其他5株噬菌体尾部蛋白基因密码子使用模式基本一致，偏爱以A或U的密码子结尾；除了AUG（M）和UGG（W）外，针对Bp4的3个尾部蛋白基因gp10、gp11、gp13分别确定了14种、17种及16种高频密码子。通过6株噬菌体尾部蛋白基因密码子偏性比较和聚类分析发现，Bp4可预测蛋白gp10与ECBP1最相近，尾丝蛋白gp11与ECI—UPM、PhAPEC5较相近，而尾刺蛋白gP13与ECBPl、ECI—UPM最相近。本研究发现噬菌体Bp4尾部蛋白基因密码子使用的偏性结果与同源性高低相一致，将为进一步研究噬菌体Bp4提供依据。